Non è basato sulle recenti vicende dell'istituto e degli ex obbligazionisti della banca il terzo filone d' inchiesta su Banca Etruria. Si tratta di un'indagine sul conflitto di interessi che ha avuto origine dalla relazione della Banca d'Italia circa il commissariamento di Banca Etruria nel febbraio 2015.
Questa terza indagine si va ad affiancare agli altri due filoni d’inchiesta, il primo risale al marzo 2014 e riguarda l'ostacolo alla vigilanza che trae origine dalla relazione degli ispettori della Banca d'Italia del 2013 e il secondo sulle false fatturazioni datato primavera 2014.
Il primo filone sta arrivando alla conclusione e il procuratore Roberto Rossi, che coordina tutti e tre i filoni di indagine, dovrebbe chiuderla chiedendo il rinvio a giudizio per Giuseppe Fornasari ex presidente, Luca Bronchi ex direttore generale e David Canestri, dirigente centrale.
Chiuso invece il filone sulle false fatturazioni che vede indagati ancora Giuseppe Fornasari, Luca Bronchi e l'ultimo presidente prima del commissariamento Lorenzo Rosi, attualmente però sono stati notificati solo gli avvisi di chiusura ma non ci sono richieste di rinvio a giudizio. Le indagini sono portate avanti tutte dal nucleo di polizia tributaria della Guardia di Finanza di Arezzo.
Per quanto riguarda le vicende di queste settimane, attualmente non sono arrivati sul tavolo del procuratore Roberto Rossi esposti da parte di ex obbligazionisti, tranne uno di Adusbef che probabilmente sarà inviato a Roma per competenza. L'inchiesta sul conflitto di interessi è ancora agli inizi e non ha ancora alcun nome iscritto nel registro degli indagati.
Inoltre non risulta indagato il padre del ministro Maria Elena Boschi, Pier Luigi, ex vicepresidente dell'istituto.